IE все-таки поддерживает докачку файлов по FTP или HTTP протоколу. Например, Вы скачиваете файл xxx.zip и неожиданно получаете сообщение "Operation time out", но окно загрузки файла остается открытым.
Все что Вам надо делать, это выбрать опцию "save as" еще раз и IE продолжит скачивание с того же места, на котором прервал.
km.ru