Сергей Багапш родился 4 апреля 1949 г. в г. Сухуми. Он окончил Грузинский институт субтропического хозяйства по специальности агроном. Во время учебы в вузе трудился на винзаводе, был инкассатором в Госбанке.
В 1972 г. С.Багапш работал начальником агрономического отдела Московского эфиромасличного совхоза, далее проходил службу в армии, затем стал инструктором Абхазского обкома комсомола. В 1978 г. был назначен зав. сектором информации ЦК ЛКСМ Грузии, заведующим отделом рабочей и сельской молодежи ЦК ЛКСМ Грузии.
В 1980 г. стал первым секретарем Абхазского обкома ЛКСМ Грузии. В 1982 г. - первым секретарем Очамчирского РК КП Грузии. В 1992 г. - первый зам. председателя Совмина Абхазской АССР. В 1993 г. назначен первым зам. председателя Совмина Республики Абхазия. В 1995 г. - первым вице-премьером Республики Абхазия.
С 1997 по 1999 г. С.Багапш занимал должность премьер-министра Республики Абхазия.
В августе 2004 г. С.В.Багапш был выдвинут кандидатом в Президенты Республики Абхазия общественно-политическим движением Единая Абхазия. Его кандидатуру поддерживало общественно-политическое движение Амцахара. 12 февраля 2005 г. он стал президентом республики.